PLEX-ID : un nouveau séquenceur en cours d’évaluation à Saint-Louis

Un nouvel automate particulièrement performant pour l’analyse et l’identification de virus, bactéries, champignons est en cours d’évaluation dans le service de microbiologie de l’hôpital Saint-Louis. Développé par la société Abbott, « il s’agit d’un spectromètre de masse moléculaire par électro-ionisation adapté au diagnostic médical direct, capable d’identifier les génomes de plus de 3500 agents pathogènes dans un même prélèvement biologique », indique le Pr François Simon, chef de service de microbiologie. Doté d’applications multiples, ce matériel d’exception pourra également être utilisé dans le domaine de la recherche. L’appareil est également en évaluation dans un nombre limité d’autres sites, parmi lesquels : la Mayo Clinic et le John Hopkins aux États-Unis, le CHU de Genève, le Royal Hospital de Londres, le Karolinska Institut de Stockholm.

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Depuis fin février 2012, le service de microbiologie de l’hôpital Saint-Louis accueille en évaluation, un nouvel appareil de bioidentification : le PLEX-ID de la société Ibis-Abbott.  À l’hôpital, il est utilisé pour identifier en moins de huit heures un pathogène (virus, bactérie, champignon). Les applications de cet outil étant multiples, « l’idée est d’en faire une plate-forme régionale accessible à des personnes habilitées aussi bien dans le domaine de la recherche que de l’environnement ou encore de la sécurité », indique le Pr François Simon, chef du service de microbiologie. « Les premières évaluations sont très positives », ajoute-t-il.

Placé dans une salle spécialement aménagée et accessible 24 heures sur 24, le PLEX-ID est un appareil imposant de près d’une tonne. Il s’agit d’un spectromètre de masse de type ESI-TOF capable d’identifier plus de 3500 pathogènes directement à partir du prélèvement (sang, biopsie, urine…) en analysant leur composition en bases A, T, C et G constitutives de l’ADN.

Les échantillons sont placés dans des plaques dédiées constituées de 96 puits qui seront ensuite insérées dans le PLEX-ID. Au préalable, différentes étapes sont nécessaires à la préparation des échantillons : broyer les prélèvements contenant les bactéries et les champignons, puis extraire l’ADN. La quantité d’ADN est ensuite amplifiée par la technique de PCR (polymerase chain reaction) qui permet d’amplifier l’ADN de façon exponentielle à partir d’un petit échantillon. A noter que les techniques de préparation ne sont pas spécifiques à l’utilisation du PLEX-ID; les partenaires externes peuvent donc arriver avec leurs échantillons déjà préparés.

Enfin, un appareil faisant partie de la chaîne de préparation distribue automatiquement les échantillons dans les 96 puits de la plaque qui est insérée dans le PLEX-ID pour lecture.